Já os espanhóis, no trato com os índios, usaram um sistema que tinha suas raízes na Reconquista : A encomenda. Terras e vilas mouras retomadas por guerreiros que lhes eram entregues com a missão, a encomenda, de garantir ali a manutenção da fé cristã. Na América o encomendeiro tornava-se beneficiário do trabalho forçado dos nativos em troca de, um princípio, presta-lhes assistência religiosa e material. Os índios eram entregues à Coroa ou aos colonos para trabalhar obrigados nos campos , nas minas e nas casas, devendo dedicar boa parte de suas forças para satisfazer às exigências dos europeus. Por falta de tempo para caçar e pescar a subnutrição atingiu essas populações. A encomenda rompeu a hierarquia tradicional e a vida comunitária. Índios colaboradores massacravam os que tentavam resistir e eram mortos servindo aos espanhóis. Para escapar dos trabalhar forçados muitos se enforcaram ou se envenenaram. Sem nenhum controle, sem nenhum limite, a lógica da corrida do ouro ia impondo suas deformações. Essa população européia, arrancada de seu território, sedenta de riqueza, lançava-se sobre os índios como um bando de predadores. Na região do Peru, onde habitavam os incas, os encomendeiros, normalmente residentes nas cidades, recebiam do kuraqa (chefe indígena) um grupo de índios para cumprir com suas obrigações. Nos subúrbios, estes construíam cabanas provisórias, que habitariam durante os três meses em que prestassem serviço. Esse serviço , denominado mita, consistia em efetuar tarefas e trazer produtos ao encomendeiro. Teoricamente os índios estavam fazendo para os espanhóis a mesma forma de pagamento a que se submetiam à época do Império Inca. Diante das atrocidades, surgem algumas vozes, do interior da Igreja, que se opõem a tais práticas. O dominicano Antonio Montesinos, em 1511, alertava os espanhóis que, se continuassem maltratando os índios daquela forma, corriam o risco de se perderem como os muçulmanos. Quando essa população começou a declinar excessivamente, autoridades espanholas e defensores dos índios pediram a importação de negros da África.
